序章  ミクロマン基地壊滅(???編)
 ガガガッ…。
 謎の敵の攻撃により、崩れ始めるミクロマン基地。
「くそっ…! 俺では何もできないのか…!?」
 司令室でギッと唇を噛みしめるミクロマン・シャクネツ。
「こんな時、どうしたらいいですか…教官…!」と、言って四角いディスクを取り出す。
 スイッチを入れると、ホログラムが。
 映っているのは、シャクネツと五人の戦士達。
「今、何処にいるんですか…? 教官!」
 穴の開いた天井を見上げると、敵のロボットが次々と基地に攻撃をしかける。
 その合間にどこからか不気味な声が響き渡る。
「グハハハハハッ! この基地にはこんな切り札があったとはな! では、有り難く頂くぞ!」
 ロボット達はたくさんの武器を持ち去った。
「ぐっ…! 教官…俺はやっぱり司令には向いていない! 俺のせいでこんな事になって…
他のミクロマンはみんな死んでしまった! 早く帰って来てください…アーサー教官!!」
 叫ぶシャクネツの側には大量の敵のロボットが降りてきたのだった…。